拡張 １．ARGの分割処理 WF_ARGのグラフ描図において、ノードは個々の染色体もしくは、集団中のハプロタイプを示している。この表現は、前者がIBD(Identitiy by Decent)、後者がIBS(Identity by Status)的な表現とも言える。そのねじれ具合を観測DNA線分全体…

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

FIG_GのSVGビューア版。"FIG_S"以下に出力される FIG_G_individual.gml → FIG_S_individual.svg FIG_G_hapfreqAll.gml → FIG_S_hapfreqAll.svg FIG_G_hapfreq.gml → FIG_S_hapfreq.svg

WF_ARGアプリケーションでシミュレーション起動時に立ち上がるVGJウィンドウのメニューバー FileからOpen(GML)を選び、該当gmlファイルを指定する。左から右に向かって世代が進む。描図にあたって、京大医学研究科ゲノム医学センターのウェブサーバ上の画像…

ファイルにおいて、染色体もしくはハプロタイプはタブ区切りの２数で表される。"3 13"は第３世代の第13番染色体(もしくはプロタイプ)を示す 全12ファイルが"GRAPH"以下に出力される 染色体の伝達関係の６ファイルとハプロタイプの伝達関係の６ファイル chxxx…

全11ファイルが"DATA"以下に出力される 主要ファイル ch_lastgen.txt シミュレーションの結果、生じる、最終世代の個々の染色体上のSNPアレルについて hp_all_xxxx.txt シミュレーションの実行変数 シミュレーションで生じるハプロタイプの頻度とそのSNPアレ…

複数のファイルは４群に分けられる。４群のファイルはそれぞれ、４つのディレクトリ"DATA" "GRAPH" "FIG_G" "FIG_S"に出力される ４群のファイルは２種類に分けられる シミュレーションの経過と最終世代のハプロタイプに関する情報を持つファイルとの2種類で…

jarファイルからアプリケーションを起動(ファイルのダブルクリック)する "Menu"ウィンドウ ３つのボタン 第１ボタン Wight Fisherモデルに基づくシミュレーションを実行するボタン 実行に際し、パラメタを指定するための"Input parameters"ウィンドウが立ち…

京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターのサイトよりjarファイル(実行可能形式ファイル)にてダウンロードします。 WF-ARGアプリケーションのソースは、オープンソースアプリケーション"VGJ(GNU General Public License, Version 2*1 に基づくオープ…

均一ハプロタイプ集団からWight Fisherモデルに基づき指定世代のシミュレーションを実行し、その経過をARGとして描図するとともに、シミュレーションの経過と最終データをファイル出力する Wright Fisherモデルについての記事はこちらおよび、こちらも Ances…