家系データをシミュレーションで作る２

• 2. 関数にする
  • 同じ処理を繰り返し使うときには、関数にする
  • 関数は、次の３つからなる
    • 入力
    • 計算
    • 出力
  • 連鎖平衡にあるマーカーの組み合わせハプロタイプを作る
    • 「連鎖平衡」
      • マーカーがDNA上で十分に遠い→組合せをランダムに作ってよい

# 入力はマーカーのアレルNaS、アレル頻度PaSと作成するハプロタイプの本数N
MakeHaplotype<-function(NaS,PaS,N){
  # haplotypeはN x length(NaS)の行列に納める
  H<-matrix(0,N,length(NaS))
  for(i in 1:length(NaS)){
    H[,i]<-sample(1:NaS[i],N,prob=PaS[[i]])
  }
  H
}
# 使ってみる
N<-2 # 一人分の２本のハプロタイプ
Haps<-MakeHaplotype(NaS,PaS,N)
Haps