ガスクロマトグラフィー・マススペクトロメトリーでメタボローム

• 物質・分子を分離・精製する方法にクロマトグラフィーがある
• その一つがガスクロマトグラフィー
  • 絵付きの説明などはこちら
  • 揮発性物質の分離・精製をする
  • 適用範囲が広い
  • 微量成分を一度にできる
• 観測するもの
  • 「保持時間(Retention Time: RT)」
  • そのピークの高さと面積で「定量」する
• マス・スペクトロメトリー(質量分析)が「物質特異的な値」を返すのに対し、(ガス)クロマトグラフィーのRTは相対値であるので、「物質の特定」をする必要が出る
• Omicsデータの解析手法概説はBioinformatics for Omics Data Methods in Molecular Biology, 2011, Volume 719, Part 1, 113-131, DOI: 10.1007/978-1-61779-027-0_5(こちら)
  • これは、レビュー集(Methods in Molecular Biology Volume 719, 2011, DOI: 10.1007/978-1-61779-027-0 "Bioinformatics for Omics Data Methods and Protocols"(こちら)の一部
  • そのRコードはこちらから(Bioconductorベースのものらしい)
    • おもに、検定とマルチプルテスティング補正とか
  • マススペクトロメトリーデータの解析に関する章はこちら
  • PCA関係はこちらも