Fine-scale Mapping with Coalescent Model

• Lam, J.D. et al.(2000)
  
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  • Parsimony と尤度
  • 星型樹形図
• Morris, A.P. et al.(2000)
  
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  • ベイズ
  • 隠れマルコフ過程(簡易解説はこちら)
  • MCMCによる事後確率推定
  • 星型樹形図
• McPeek,M.S. et al.(1999)
  
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  • 最尤法
  • 隠れマルコフモデル
  • Fine mappingではなく、組換え率・ＬＤ分布の推定にConditional-Coalescentモデルを使用
  • 星型樹形図
• Liu, J.S. et al.(2001)
  
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  • ベイズ
  • MCMC
  • 星型樹形図
• Rannala, B et al.(2001)
  
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  • ベイズ
  • MCMC
  • Intra-allelic Coalescent model
    
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  • ２分岐樹形図
• Morris, A.P. et al.(2002)
  
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• 2002年時点で、fine-scale mappingの方法に関する論文についてイントロダクションでサマライズしている。Coalecentモデルを用いた、McPeek,Liu,Morris,Rannalaの論文もその中で解説している
  
  • ベイズ
  • MCMC
  • Shattered Coalescent model
  • Shattered(複数に分かれた)２分岐樹形図
• Fearnhead, P. et al.(2001)
  
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  • Neutral Coalescent with Recombination Modelを用いてfull likelihoodでARG推定する
• Larribe, F. et al.(2002)
  
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  • Neutral Coalescent with Recombination Modelを用いてベイズででARG推定する
• Zollner S et al. (2004)
  
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  • 2004年時点で、Coalescentベースのfine-scale mappingの方法に関する論文についてイントロダクションでサマライズしている。
  • ケース・コントロールの別なく、樹を推定(MCMC)
  • 樹を推定して、その後に、関連ローカスの存在を検定する
  • 責任変異とその浸透率を変えながら、フェノタイプデータとの整合性を尤度で検討する
  • Quantitativeデータに適用可能
• Wang, Y. et al. (2005)
  
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