検定各論

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと
質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと

• すべての場合に通じること
  • ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる
  • ジェノタイプは、カテゴリカルデータである
  • ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しない場合と考慮する場合がある
• フェノタイプは、カテゴリカルデータである場合と、量的データである場合がある
  • フェノタイプがカテゴリカルデータの場合には、順序を考慮しない場合と考慮する場合がある
• ジェノタイプ・フェノタイプの２軸に順序を考慮するかしないかで、４通りの場合わけができる
  • ２軸ともに順序を考慮しない場合
    • ジェノタイプ:順序なし、フェノタイプ:順序なし
    • (ジェノタイプカテゴリ数-1)ｘ(フェノタイプカテゴリ数-1)の自由度の独立性検定
  • ２軸のうち、１軸にのみ順序を考慮する場合
    • ジェノタイプ:順序あり、フェノタイプ:順序なし
      • Kruskall-Wallis
    • ジェノタイプ:順序なし、フェノタイプ:順序あり
      • Kruskall-Wallis
      • ANOVA
        • ジェノタイプはカテゴリカルデータなので、この手法の適用は、ジェノタイプに順序なし、フェノタイプに正規分布仮定可能な量的形質の場合
  • ２軸の両方に順序を考慮する場合
    • ジェノタイプ:順序あり、フェノタイプ:順序あり
      • Jonckheere-Terpstra
      • 線形回帰

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