トリオデータのハンドリング箇所
- HapMap,Haploviewにてトリオ(CEUサンプル、YRIサンプル)のデータをハンドリングしている箇所は、オープンソースHaploviewの "edu.mit.wi.haploview"パッケージの"HaploData.java"クラス。
- トリオ関係については、ソースにじか書きしてあって("edu.mit.wi.haploview"パッケージの"PedFile"クラスの冒頭)、その情報をもとに、子供のジェノタイプを確認後、その父・母のジェノタイプと照合し、父からの伝達アレル・父からの非伝達アレル、母からの伝達アレル・母からの非伝達アレル、の計４アレルを決定し、１トリオから、父母の持つ４本の染色体の情報を、HaploDataクラスのchromosomesに格納する。
- その格納方法は確定的なアレルは1,2,3,4(４塩基に対応)させる。今、子供がヘテロ、両親もヘテロだとすると、父母の４本の染色体の伝達・非伝達関係は決定できないので、そのアレルは5,6,7,8(４塩基に対応)で格納しておく。
- 伝達・非伝達についての情報がある場合(1-4)とそうでない場合(5-8)について、考慮しながら、EMを回しているのは、同じく、HaploDataクラスの"computeDPrime"関数
- ちなみに、非家系(JPT,CHB)の場合には、全員が非家系なので、人数ｘ２本の染色体情報がHaploDataクラスのchromosomesに格納される。
