Selective sweep

• Selective sweep
  • 有利な変異の起きたハプロタイプが集団中の頻度を上げるために、その有利変異周辺にある多型の間のAllelic associationには、そのような変異がない場合とは異なる特性が観測される
  • そのような特性を検出する統計量がいくつかある
    • Haplotype-based and linkage-disequilibrium-based methods
      • rEHH: relative extended haplotype homozygosity
      • iHS: integrated haplotype score
    • Site frequency spectrum(SFS)-based methods
      • Tajima's D-based test
    • population subdivision-based tests
      • Deviation of Fst
    • levels of variability-based tests
      • HKA-test
  • Recent and ongoing selection in the human genome Rasmus Nielsen, Ines Hellmann, Melissa Hubisz, Carlos Bustamante & Andrew G. Clark p857 | doi:10.1038/nrg2187