多次元ベクトルデータの超球面表現と密度推定
data<-read.table("data.txt",sep="\t") #多次元ベクトルデータの読み込み(たとえば400人分、数百マーカー分) Cdata<-cov(data,use="pairwise") # covariance matrix Cdatacor<-cov2cor(Cdata) # correlation matrixへの変換(ただしエラーが・・・)?? answer<-princoRY(Cdata,thres=0,noPlotAxis=3,outfile="testout.txt") #princoRYの中でも『標準化』しているので、Cdataのままで与える data4persp<-kde2d(answer$Axis.1, answer$Axis.2) #第1軸、第2軸でpersp 関数用のデータを作る。また、data4perspは密度情報 persp(data4persp) #添付図