ハプロタイプ配列を比べる、ディプロタイプ配列を比べる

• ハプロタイプ配列の比較
  • ２染色体の配列が得られたとする。
  • 同一か異なるかを座位ごとに比べることができる
  • 同一か異なるかがどのように連結しているかを場合わけすることができる
    • その連結具合の場合わけがどのような分布をするかがゲノムワイドで特徴を持つと予想され、その特徴が、２染色体の帰属集団内での近縁関係を表現する(部分がある)
• ディプロタイプ配列の比較
  • 今、ディプロタイプの配列が２個体分得られたとする。
  • アレルの共有数を持って、２個体の配列の差を定量するのは、ひとつのやり方
  • ヘテロ座位数を比較するのもよいだろう
  • ホモストレッチの分布を比較するのもよいだろう
    • ホモストレッチの分布は、分布であるだけに、比較が容易でないかもしれない。代表値を定めることが適当だろう
• １２月１４日に続く