遺伝子多型解析を数か月でできるようになるために〜第4回

• 『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次
• 2011/06/25実施
• ２章の残り
  • 遺伝的モデル
    • 優性・劣性というモデル
    • そのどちらとも言えないモデル
      • 「中間型」の意味
        • 簡単な「中間型」
          • 平均
            • 相加平均と相乗平均
        • 本当の「中間型」
          • 「ちょうど中間(相加・相乗の平均)ではない」
          • 「状況に応じて発揮される機能の大きさに差がある」
• ３章
  • ＬＤ
    • と
      • は
      • は組換えのありなし
  • ＬＤindicesの値はとその信頼度
    • 信頼度はに染色体本数をかければ、それが値になって、p値を出せる
    • HaploviewではLODで同様に信頼度を評価できる
    • LDplotを描くためのパッケージと関数

install.packages("LDheatmap")
library(LDheatmap)
LDheatmap(Actn3AllSnps, LDmeasure="D'",color=rainbow(100))

• • HWE
    • HWEテストにみる「ｐ値」の出し方３種
      • 漸近近似テスト
      • モンテカルロ・パーミュテーションテスト
      • 正確確率テスト:全順列テスト(「順列＝パーミュテーション」)
    • HWE正確確率検定に見る「すべての場合を網羅する」ということ
  • データＱＣ総論(資料)
  • 多次元データ
    • 多次元空間上の分布を分離のよい視点から見る(ＰＣＡ）
      • 分散と固有値分解のこと
    • 多次元空間上の点のペアワイズ距離を測り、その指定次元対応座標を得る(MDS)
      • 距離行列のこと