- 『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次
- 2011/06/25実施
- 2章の残り
- 遺伝的モデル
- 優性・劣性というモデル
- そのどちらとも言えないモデル
- 「中間型」の意味
- 簡単な「中間型」
- 本当の「中間型」
- 「ちょうど中間(相加・相乗の平均)ではない」
- 「状況に応じて発揮される機能の大きさに差がある」
- 3章
- LD
と
- LDindicesの値はとその信頼度
- 信頼度は
に染色体本数をかければ、それが
値になって、p値を出せる
- HaploviewではLODで同様に信頼度を評価できる
- LDplotを描くためのパッケージと関数
install.packages("LDheatmap")
library(LDheatmap)
LDheatmap(Actn3AllSnps, LDmeasure="D'",color=rainbow(100))
-
- HWE
- HWEテストにみる「p値」の出し方3種
- 漸近近似テスト
- モンテカルロ・パーミュテーションテスト
- 正確確率テスト:全順列テスト(「順列=パーミュテーション」)
- HWE正確確率検定に見る「すべての場合を網羅する」ということ
- データQC総論(資料)
- 多次元データ
- 多次元空間上の分布を分離のよい視点から見る(PCA)
- 多次元空間上の点のペアワイズ距離を測り、その指定次元対応座標を得る(MDS)