遺伝子多型解析を数か月でできるようになるために〜第4回

  • 『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次
  • 2011/06/25実施
  • 2章の残り
    • 遺伝的モデル
      • 優性・劣性というモデル
      • そのどちらとも言えないモデル
        • 「中間型」の意味
          • 簡単な「中間型」
            • 平均
              • 相加平均と相乗平均
          • 本当の「中間型」
            • 「ちょうど中間(相加・相乗の平均)ではない」
            • 「状況に応じて発揮される機能の大きさに差がある」
  • 3章
    • LD
      • r^2D'
        • r^2\chi^2
        • D'は組換えのありなし
    • LDindicesの値はとその信頼度
      • 信頼度はr^2に染色体本数をかければ、それが\chi^2値になって、p値を出せる
      • HaploviewではLODで同様に信頼度を評価できる
      • LDplotを描くためのパッケージと関数
install.packages("LDheatmap")
library(LDheatmap)
LDheatmap(Actn3AllSnps, LDmeasure="D'",color=rainbow(100))
    • HWE
      • HWEテストにみる「p値」の出し方3種
        • 漸近近似テスト
        • モンテカルロ・パーミュテーションテスト
        • 正確確率テスト:全順列テスト(「順列=パーミュテーション」)
      • HWE正確確率検定に見る「すべての場合を網羅する」ということ
    • データQC総論(資料)
    • 多次元データ
      • 多次元空間上の分布を分離のよい視点から見る(PCA)
      • 多次元空間上の点のペアワイズ距離を測り、その指定次元対応座標を得る(MDS)
        • 距離行列のこと