遺伝子多型解析を数か月でできるようになるために〜第1回
- 『Applied Statistical Genetics With R』の読み会シリーズの目次
- 2011/05/13
- テキスト
Applied Statistical Genetics with R: For Population-based Association Studies (Use R!)
- 作者: Andrea S. Foulkes
- 出版社/メーカー: Springer New York
- 発売日: 2009/05/06
- メディア: ペーパーバック
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- Appendix R Basics
- 本文でRを使うので、Rのインストールと使い方の基礎を
- 起動と終了
- エクセルとのデータのやり取り
- 行列の扱い
- 行について計算する
- アレル頻度を出す
nr<-10 nc<-5 m<-matrix(sample(c(0,1,2),nr*nc,replace=TRUE),nr,nc) m[,1] # allele freq sum(m[,1])/(2*length(m[,1]))
- 実行結果
> nr<-10 > nc<-5 > m<-matrix(sample(c(0,1,2),nr*nc,replace=TRUE),nr,nc) > m[,1] [1] 0 2 0 1 2 1 2 1 0 2 > # allele freq > sum(m[,1])/(2*length(m[,1])) [1] 0.55 >
- テキストファイル
- エクセルで適当に0,1,2の値を作る
=IF(RAND()<0.3,1,IF(RAND()<0.2,2,0))
-
- 適当な行・列数で作成して、テキスト(タブ区切り保存)"fileFromExcel.txt")
d<-read.table("fileFromExcel.txt") dasmatrix<-as.matrix(d) print(dasmatrix)
- 実行結果
> d<-read.table("fileFromExcel.txt") > dasmatrix<-as.matrix(d) > print(dasmatrix) V1 V2 V3 V4 [1,] 1 0 0 0 [2,] 1 2 1 0 [3,] 1 0 1 1 [4,] 1 1 1 1 [5,] 1 1 1 0 [6,] 0 0 1 0 [7,] 0 0 1 0 [8,] 0 0 1 1 [9,] 0 0 1 2 [10,] 1 0 1 1 [11,] 0 1 0 1 [12,] 1 0 0 2 [13,] 0 0 0 1