{R][マイクロアレイ][Gene Expression Omnibus]GEOquery

• 遺伝子発現データの公共サイトGEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/Home - GEO - NCBI)
• それをRに読み込むためのパッケージ(やら仕組み)
• 説明サイト(こちら)
• コマンド

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
library(Biobase)
library(GEOquery)

• 何のデータを？
  • こちらの検索画面で"Rheumatoid arthritis"で検索したとすると
  • "GDS3628 Rheumatoid arthritis and response to anti-TNF alpha therapy: blood"のようなものなどがひっかかる
• 試みに、これをgetGEO()してみる

gds3628 <- getGEO('GDS3628', destdir=".")

• 生データの中身を見てみる

Table(gds3628)[1:10,1:6]

• Bioconductorの紹介