用量反応を大規模に

• こちらの続き：用量反応を見るとする
• こちらにIsoGeneというRのパッケージの論文がある
• マイクロアレイのデータで、薬を振りかけて、用量依存に発現量が動くかどうかを大規模・マルチプルテスティングの枠組みで調べよう、いくつかの統計量があるから、ひとまずいろいろ出すだけ出してみよう、とこういうパッケージである
• affyパッケージに依存しており、こちらはbioconductorからとる

• ここで行っている回帰はpool-adjacent-violators algorithm(pava)。それについてはこちらの記事へ

install.packages("IsoGene")
# パッケージのダウンロード先をbioconductorのそれにする
install.packages("affy")
library(IsoGene)
help(IsoGene)
help(IsoGene1)
x <- c(rep(1,3),rep(2,3),rep(3,3),rep(4,3))
y <- c(rnorm(3,1,1),rnorm(3,2,1),rnorm(3,3,1),rnorm(3,4,1))
stat <- IsoGene1(x,y)
stat
 x <- c(rep(1,3), rep(2,3), rep(3,3), rep(4,3))
  y <- c(rnorm(3,1,1), rnorm(3,2,1), rnorm(3,3,1), rnorm(3,4,1))
  IsoPlot(x, y)
  IsoPlot(x, y, type="ordinal", add.curve=TRUE)
x <- c(rep(1,3), rep(2,3), rep(3,3), rep(4,3))
y <- c(rnorm(3,1,1), rnorm(3,2,1), rnorm(3,3,1), rnorm(3,4,1)) 

IsopvaluePlot(x, y, niter = 1000, stat = "Williams")