追記

• 拡張
  
  • １．ARGの分割処理
    
    • WF_ARGのグラフ描図において、ノードは個々の染色体もしくは、集団中のハプロタイプを示している。この表現は、前者がIBD(Identitiy by Decent)、後者がIBS(Identity by Status)的な表現とも言える。そのねじれ具合を観測DNA線分全体について表現したものがARGであり、ねじれがRecombinantとRecombinant nodeが作るグラフ上のサイクルに相当している。しかし、サイクルの多いグラフは、そもそも複雑であるし、演算処理に多大な負荷をかけることは、自明である。グラフアプローチは複雑な対象にグラフ理論による方法を持ち込むことで楽をしようとするものだが、処理自体が魔法のように軽くなるわけではない。したがって、Zollner らのように(参考記事はこちら)それをより狭い線分に分割することによって、処理の単純化を図る。→現在、ベータ〜ガンマ版。
  • ２．VGJの持つノードグループ化機能の取り込み
    
    • VGJには複数のノードをグループとして登録することで、複数のノードを個別に描いたり、それらを１ノードとして描いたりすることができる。この描き分けは、同一のグラフ用テキストファイルに対して、VGJのメニューからのコマンドで行き来可能である。WF_ARGでは、個々の染色体ノードを表示するモードと、同一ハプロタイプ型の染色体ノードを塊にして表示する、集団ハプロタイプモードとがある。現在は、モード別に独立したグラフ情報テキストファイルを作成しているが、これを同一テキストファイルに搭載する。→現在、ベータ〜ガンマ版。
  • ３．Universal Ancestor,MRCAなど
    
    • 任意のノードの祖先染色体・子孫染色体、祖先ハプロタイプ・子孫ハプロタイプをARG上で追跡し抽出・評価する。Universal AncestorやMRCAなど、集団遺伝学的なアイテムも検出・表示する。いずれも、テキストデータベースでのハンドリングとそれを描図して理解を助けることを念頭に置く。→現在、計画段階。