昨日の続き マイクロアレイデータをクラスタリングした フェノタイプと検定して、FDR補正してみる # サンプル数 Ns <- 500 # マーカー数 Nm <- 1000 # サンプルのパターン数(群数) Ns.pt <- 10 # マーカーのパターン数(群数) Nm.pt <- 10 # サンプル・マーカ…

昨日の続き 発現解析の結果をヒートマップ表示することがある Rではheatmap()関数がある heatmap()関数では、その内部で用いる距離定義関数(デフォルトはdist()関数)、階層的クラスタリング関数(デフォルトではhclust())を用いて、データ行列の行についてク…

沢山のマーカーについて沢山のサンプルで定量的データが取られる サンプルをマーカー次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする 同様に、マーカーをサンプル次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする その心は、マーカ…