2013-08-11から1日間の記事一覧
こちらでENCODEプロジェクトの駆け足読み記事を書いている そのThread 02 でFDRという用語が出てくる たくさんの検定をやるシチュエーション 「ほぼすべての検定が帰無仮説に従っている」とみなすなら、ボンフェロニとかFWER的なマルチプルテスティング補正…
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この文書の数ページはかいつまんで書いてあるのだけれど、かいつまみ過ぎてついていきにくかったので、この文書の流れではなく再整理→こちら
帰無:対立の比率だけが数字でるだけではやはり足りない どのくらいの強さの因子なの?という話 それを個別に評価するのでなく、全体を使って個別のEffect sizeを。
解析構造が複雑になってきて、階層的にテストしたり…Permutationなどが強い世界 10.1 The Multi-Class Model 10.2 Small Subclasses and Enrichment 10.3 Relevance 10.4 Are Separate Analyses Legitimate? 10.5 Comparability
遺伝子を束ねてパスウェイ解析 9.1 Randomization and Permutation 9.2 Efficient Choice of a Scoring Function 9.3 A Correlation Model 9.4 Local Averaging
FDRの話ではなく、塊のデータがあるときに気にすることについての話 Correlationを評価することで、推定値のaccuracyなども算出する(前章) 8.1 Row and Column Correlations もちろん気にする。クラスタリングしたりする対象だし 8.2 Estimating the Root Me…
この後は、細部とかMicroarray の話一般、てな感じになってきますが… FDR,local FDRで数字を出したら、それって、信頼区間は?という話になるのはよくある話 リサンプリングするのも手 せっかくベイズで来たのだから、「理論」や「パーミュテーション(replac…
ラージデータがあるなら、「理論」を信じるより実分布をみた方がよい 帰無仮説の分布はわかる、でも、たいていは帰無仮説に従っていない 6.1 Four examples 6.2 Empirical Null Estimation 観測データからNull分布を推定することに関する理論的説明 Empirica…
1テストのときにはずれた統計量が出ると、それは、何かしらの分布に照らしてp値化することになる。FDRのBH法もそのようにして出したp値がたくさん得られたときの話だった たくさんのテストを並列に実施するとp値だけでなくて、統計量自体がたくさん得られて…
FDRというのは、「何をもって閾値を決めるか」の態度の一つ。FDRと異なる態度が「タイプIエラー率を(たとえば)0.05にする」という態度。FDRの態度はそれとは違って、別のものをコントロールしようとしている 4.1 True and False Discoveries たくさんのテスト…
古めの手法を見ておこう 3.1 p-Values and z-Values 1つのテストのために作られている たくさん並行してテストしたら分布を見ておかないと 特に、1つのテストで保守的に立ちつつ検定するようにできている(ことが多い)ので、たくさんをならべたときに、それ…
21世紀に入って「ハイスループット」の時代。その要請としてLarge-scale hypothesis testing に対応する手法が生まれている。この関係は、Fisherの時代の農業の近代化の要請に似ている 2.1 A Microarray Example 数千以上の遺伝子、数十以上のサンプル…とい…
考え方は1950年代に遡るが、同時並行でたくさんのデータ解析を行うようになって実問題に適用されるにいたった。その最初の適用対象がマイクロアレイ・体系的発現解析 (ベイズ)推定なのか、検定なのかの区別なども問題になる 1.1 ベイズ規則と多変量正規分布…
資料(Stats 329) 目次 Chapter 1 Empirical Bayes and the James-Stein Estimator Chapter 2 Large-Scale Hypothesis Testing Chapter 3 Significance Testing Algorithms Chapter 4 False Discovery Rate Control Chapter 5 Local False Discovery Rates Ch…
FDRでは複数の検定統計量が与えられたときに、個々の検定について、「帰無仮説に合致しているか」「対立仮説に合致しているか」をfdr : 1-fdrという値で示す fdrが小さいほど、対立仮説により強く合致することを示す(検定p値も小さいほど、対立仮説らしさが…