SNPケースコントロール関連検定の新手法(OMTT)

• Optimal dose-effect mode trend test for SNP genotype tables. An Genetic Epidemiology Published Online: 7 Aug 2008
• 概要
  • SNPでケースコントロール関連検定をしようとしているとき、additive modeに対してトレンド検定を、優性モードに対して優性検定を、劣性モードに対して劣性検定を行うことがある。さらには、そのモードのどれかはわからないけれども、いずれかに合致していれば関連があるだろうと考えて、３検定の中で最も強い検定結果をそのテーブルの検定結果として採用する、というやり方をとることもある。
  • リスクアレルホモと非リスクアレルホモとのリスク重み付けを1,0としたときに、優性と劣性とadditiveなモードは、要するに、ヘテロのリスク重み付けを1,0,0.5とした場合であるから、優性と劣性の間というのは、ヘテロの重み付けを0以上、1以下とした場合である。Optimal dose trend test(OMTT)では、このように優性と劣性の間のモードを連続的に対象として検定する手法である。
  • 実際の計算は、２ｘ３表から自由度２のカイ自乗値と優性モード・劣性モードの２ｘ２表を作って、その自由度１のカイ自乗値を計算して、そのどれをテーブルの統計量と考えるかを決めればよい、という簡便なものである。
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