第7限 Genetic structure



集団は、均一集団の寄せ集めになっている(ことが多い)。そのよせ集まり具合の評価。最近、論文でよく使われている"Structure"はこちら。Structureでは、観測データから個人をグループ分けして、グループ間の遠近関係を出す。こちらの手法は、観測データとともに、個体の所属関係を引数として与えた上で、「所属集団」間の遠近関係を算出する。

実装されている解析は、複数集団が均一か否かを解析するAMOVA、複数集団中の集団ペアについてF_{ST}を算出・検定、また、F_{ST}にもとづき、集団ペア間の遺伝的距離を推定する方法、それに伴い、集団サイズの推定、集団の分化についての推定・検定など。

  • 記事『Population subdivision と F_{ST}(FST), AMOVA』はこちら。とくにAMOVAについてはこちら
  • 入力ファイル
    • Haplotypic dataの場合
      • Arlequinをダウンロードするとついてくるサンプルデータ\Amova\amovahap.arp と そのハプロタイプ定義ファイル \Amova\56hapdef.txt を用いて、その出力を確認する。
      • 入力ファイルには、解析したい構造が記されている。サンプルは本記事の末尾の通り
      • 出力ファイルの該当箇所は次の通り