第７限　Genetic structure - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

集団は、均一集団の寄せ集めになっている(ことが多い)。そのよせ集まり具合の評価。最近、論文でよく使われている"Structure"はこちら。Structureでは、観測データから個人をグループ分けして、グループ間の遠近関係を出す。こちらの手法は、観測データとともに、個体の所属関係を引数として与えた上で、「所属集団」間の遠近関係を算出する。

実装されている解析は、複数集団が均一か否かを解析するAMOVA、複数集団中の集団ペアについて $F_{ST}$ を算出・検定、また、 $F_{ST}$ にもとづき、集団ペア間の遺伝的距離を推定する方法、それに伴い、集団サイズの推定、集団の分化についての推定・検定など。

記事『Population subdivision と $F_{ST}$ (FST), AMOVA』はこちら。とくにAMOVAについてはこちら。
入力ファイル
- Haplotypic dataの場合
  - Arlequinをダウンロードするとついてくるサンプルデータ\Amova\amovahap.arp　と　そのハプロタイプ定義ファイル \Amova\56hapdef.txt を用いて、その出力を確認する。
  - 入力ファイルには、解析したい構造が記されている。サンプルは本記事の末尾の通り
  - 出力ファイルの該当箇所は次の通り