第５限 連鎖不平衡判定と連鎖不平衡係数の計算

Arlequinの連鎖不平衡解析は遅いので原則、用いない。しかしながら、出力が丁寧なので、原理の学習という意味で連鎖不平衡のみなぞる。

• EMアルゴリズムにてハプロタイプ頻度を推定し、それに基づいて連鎖不平衡の検定、および連鎖不平衡係数を計算している
• 連鎖不平衡に関する記載は、同じくSNPの連鎖不平衡を解析するアプリケーションであるHaploviewの出力との対比も含めて、こちらから
• Hardy-Weinberg平衡とその検定
  
  • HHW平衡に関する解説はこちら
  • 個々のSNPにおけるHWE検定のほか、Phase既知の場合には、ハプロタイプ単位での検定も行う。仔細に出力を確認していないが、ヘテロ個体の観測期待頻度の値が正しいかどうか、疑義が残っているので、使用を現時点では勧めない。
• 入力ファイル(２SNP、連鎖不平衡あり)のファイルは末尾の通り

[Profile]

Title="Gen1"

NbSamples=1

GenotypicData=1

GameticPhase=0

MissingData="N"

DataType=DNA

LocusSeparator=NONE

[Data]

[[Samples]]

SampleName="SampleA"

SampleSize=100

SampleData={

A1  80 AA

       AA

A4  5 AA

       CA

A5  5  AA

       CC

A6  4  AC

       CC

A7  4  CA

       CA

A8  2  CA

       CC

}