Hardy-Weinberg平衡検定(Population subdivisionにおける)

• 本来はPopulation subdivisionの検定ではないが、SNP解析出身者にはもっとも理解が容易な指標なので、はじめに説明する
• HWE検定でHWEが棄却された場合には、Heterozygosityの過少の場合には、subdivisionの存在がその理由である可能性がある(が、そうと断定したわけではない)
• 帰無仮説
  
  • 均一仮説では、Heterozygosity(ヘテロ個体の比率)が、アレル頻度pについて2p(1-p)となっている
  • 言い換えると
    
    • ヘテロ個体とは、アレルAと対立アレルaとを有する個体である。今、２アレルペアを作るときに、第１のアレルの選択と第２のアレルの選択が相互に独立である場合には、それぞれの確率が p 1-pであるとき、２アレルペアがヘテロとなる確率は 2p(1-p)となる。(ヘテロAaを得る期待値E(Aa)は、アレルAを選択する確率とアレルaを選択する確率の積)
• 対立仮説
  
  • Subdivisionが存在すると、Heterozygosityは2p(1-p)からずれる(Subdivisionの場合には、subdivided グループ間にアレル頻度の高低があり、グループ内でのメイティングがグループ間のメイティングより高頻度なので、Heterozygosityは下がる)
  • 言い換えると
    
    • 今、２アレルペアを作るときに、第１のアレルの選択と第２のアレルの選択が相互に独立でないので、それぞれの確率が p 1-pであるとき、２アレルペアがヘテロとなる確率は 2p(1-p)となる。(ヘテロAaを得る確率Pr(Aa)は、アレルAを選択する確率とアレルaを選択する確率の積よりも小さくなる)
    • このの項が、Fixation index、ANOVA・AMOVAで登場する共分散項に相当していく