Nucleotide polymorphism
ある集団で、n本の染色体の長さkの配列を観測したところ、m箇所に多型性が認められた。
今、
Principles of Population Genetics
- 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark
- 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc
- 発売日: 1997/10
- メディア: ハードカバー
のp53の例で言うと、n=5,k=500,m=16で、その多型箇所の配列は
TCTACCTCCTCGGTTA
TCCTACCTCCTGGTTT
CTCCCCCTCTTTGCTA
CTCCCCCTTCTGACTT
CTCCCTCTTTTGGCCA
となっている。このデータからは、次のHeterogeneity情報が取られる。
S 全長における多型箇所の比率 0.032
theta : the level of nucleotide polymorphismの期待値 0.015360000000000002
V(theta) : the level of nucleotide polymorphismの期待値の分散 9.213050880000004E-5
ただし、,
そのソースは次項のNucleotide diversityのそれと一括で示す
