Structural variation 概論

• 分類・呼称
  
  • MicroscopicとSubmicroscopic
    
    • Microscopic(顕微鏡で観察される)
      
      • 形態の違い
        
        • Aneuproidies(異数性)
        • Rearrangements(転位)
        • 染色体サイズバリエーション
        • 第２次狭窄(secondary constriction)
        • 末端動原体(acrocentric chromosome)
      • 染色バンド像の違い
        
        • 相互転座(reciprocal translocation)
        • 欠失
        • 重複
        • 挿入
        • 逆位
      • FISHで塩基配列レベルの観察
      • Microscopic structural variationは1/375 live birthsで、その1/4は当該染色体領域のコピー数異常を伴う。
      • Microscopic structural variationは先天奇形と関連するものが数％から数十％のオーダーで認められる。
    • Submicroscopic(顕微鏡では見えない)
      
      • 検出方法
        
        • ゲノムワイドアレイ方式(２ゲノムを比較して、ゲノム上の領域ごとにコピー数の比を求める)
          
          • Array-based comparative genome hybridization(array-CGH)
          • Representational oligonucleotide microarray analysis(ROMA)
          • SNP array
        • 標的領域PCR-based方式(同一PCRプライマーではさまれる領域の長さを検出する)
          
          • Real-time quantitative PCR(real-time qPCR)
          • Quantitative multiplex PCR of short fluorescent fragments(QMPSF)
          • Multiplex amplifiable probe hybridization(MAPH)
          • Multiplex ligation-dependent probe amplification(MLPA)
        • Computer-based方式
          
          • 異なるサンプルの配列を直接比較
          • ゲノム配列上に対応点を定め、対応点間距離の差を検出する
      • 種類
        
        • Copy-number variants
        • Inversions
        • Cryptic translocations(染色体バンドで検出できない転座)
        • Segmental uniparental disomy(UPD)(片親由来の染色体が２本ある状態)
      • 機能性structural variantsの分子機構
        
        • 遺伝子本体のGene dose effect、構成エクソンの変化
        • 転写調節領域のvariantによる転写への影響
        • 向きの影響
        • 例
          
          • 外敵応答・免疫応答遺伝子に集積している？？？