集団遺伝学解析用アプリケーションカタログ - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

カタログ
- 引用文献はこちら
  - Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Laurent Excoffier and Gerald Heckel Nature Reviews Genetics 7, 745-758 (October 2006)
- Nature reviews genetics本文へのアクセスがあるなら次のリンクへ
  - Program functionalities and assumptions: multi-purpose packagesはこちら
    - Arlequinの使い方のブログ記事はこちら(ジャーナルへのアクセスは(もちろん)不要)
  - Program functionalities and assumptions: individual-centred programsはこちら
  - アプリケーションURLのリストはこちら
アルゴリズム
- 集団遺伝学の各種アプリケーション・プログラムで共通して用いられるアルゴリズムの紹介文献はこちら
  - Modern computational approaches for analysing molecular genetic variation data Paul Marjoram and Simon Tavaré. Nature Reviews Genetics 7, 759-770 (October 2006)
- 集団を扱うか、個体・個染色体を扱うか
  - いずれも確率論的なアプローチ
  - 個体・個染色体を取り扱うにあたってはコンピュータが不可欠であるので、コンピュータ時代の集団遺伝学とコンピュータ時代の前の時代との区分も可能
- 個体・個染色体を取り扱うCoalescentモデル
  - Nature reviews geneticsの図はこちら
- シミュレーション
  - 個体・個染色体を扱うにあたっては、集団遺伝学モデルとそのパラメタから確率的にシミュレーションを行う
    - シミュレーションデータが観測データと合致するか、合致しやすいモデルは何か、という視点で解析を進めるか、シミュレーションデータが観測データの『必要な部分』をもたらしたか、もたらしやすいモデルは何か、という視点で進めるかの２つに分けて考えることは可能
  - シミュレーションを進めるにあたってのアルゴリズム
    - Rejection algorithms
    - Importance sampling
    - MCMC,Metropolis-Hastings
  - モデルが観測データをどれくらいよく説明するかはベイズ