Multilocus LDインデックス

個人的な研究テーマに近い話しで少しだけ文献メモ。

• the correlation in the haplotypic structure between two

subsets of SNPs

• 複数のSNPを持つ領域につき、SNPを2群に分け、群別のハプロタイプ頻度から算出する
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• エントロピーの定義式を用いる
  
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• the use of haplotype homozygosity to measure linkage disequilibrium or, equivalently, of to measure the amount of dependency in a contingency table
  
  • 多型性の高い領域について、ひとつのLDインデックスを与える。SNPの場合は複数のSNPが作るハプロタイプを多アレル多型ととらえることで、このインデックスを適用する
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  • Homozygosityの多アレル一般型を用いる
• おまけ
  
  • ペアワイズSNPのLDインデックス。従来法(,)と異なるもの
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