Eigenanalysis



先日、Eigenanalysisについての記事(こちら)を書いた。

公開アプリケーションのケース・コントロール解析における、おおまかな実行手順は次の通り

1 ジェノタイプ・フェノタイプ・マーカーに関するファイルを用意する

2 本ツール用のフォーマットに直す

3 実行する

4 サンプルの主成分分析がなされる

4−1 そのEigenvector,Eigenvalueが得られ、それに対するTracy-Widom P値が与えられる

4−2 各個人がEigenvectorの線形和で表される(用いるEigenvectorの数は引数(-l)で与える

4−3 ケース・コントロールの2群が推定された集団構造において異なった2群とみなされるかどうかをANOVAで検定する

5 個々のマーカーの検定をする(eigenstrat のオプション"-o")

5−1 Armitage's trendテストによるカイ自乗値が出る

5−2 指定したEigenvectorsによって、サンプルのフェノタイプを補正し、また、SNPのジェノタイプを補正し、その補正後の統計量として"EIGENSTRAT chisq statistics"を与える。これは、((サンプル数)-(使用するEigenvector)-1)*(補正後ジェノタイプと補正後フェノタイプ間の相関)^2で与えられる。

6 Genomic control補正をこの結果に行うことも可能。Armitage's trend chisqとEIGENSTRAT chisqとの両方をそれぞれ補正した値を返す。(gc.pl)