ハプロタイプ格子

２SNPが作る４ハプロタイプについて、２群間で検定することを考える。２ｘ４分割表ができて、自由度３である。今、４ハプロタイプをH1,H2,H3,H4とし、ケースのH1,H2,H3の観測本数をx,y,zと自由度３に相当する３変数とすると、２ｘ４分割表の周辺度数に基づく、観測分割表の生起確率は、x,y,zの関数として、３次元空間に表現される。
今、２群間において、H1の頻度の違い、H2のそれ、・・・、SNP1の第１アレルのそれ、SNP２の第２アレルのそれ、といろいろな尺度で検定する、というのは、この３次元空間確率密度分布を、それぞれに対応する軸について自由度１で解釈する、ということである。