可塑性 - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

こちらでタンパク質の変性をグラフで表してみている
タンパク質の変性の可逆性、元に戻しやすいかどうかが、グラフが保有する情報で表せるのではないか、と考えている。
さて、遺伝子解析でこれをどう活かすか
遺伝子がネットワークを構築している
ある状態は、遺伝子の作るネットワークでアクティブなエッジがどれか、ということで表現されるとする(それほど間違っていない仮定と思う)。これをネットワークの状態Aとする
同一の遺伝子セットが、別の状態をとれるとする。これをネットワークの状態Bとする
AからBへ移行できて、BからAへも移行できるとき、可逆的な変化
AからBへは移行できるが、BからAへは移行できないとき、AからBへの変化は不可逆変化と呼ばれるべきだろう
疾患を考える。Aは病気じゃない、Bは病気とする。すっきり治る、すぐ治る病気と、全然治らない病気がある。同じ病気なのに、すぐ治る人もいれば、なかなか治らない人もある
ネットワークのグラフの状態移行の難易が表せれば、その状態を観察することは、診断として適当。状態移行が「こんがらがってほどけない」ときに、「ほどき方」を教えてあげられれば、それは治療。
さて、ここで、ほどける、ほどけない、が出てきた。結び目は、3次元の2次元への埋め込み(こちら)
ここでの「こんがらがり方」はただ、紐がボンドでくっついているだけで、結び目にはなっていないようにも思えるけれど、「結び目」は作れる？作れたとして、そのせいで「こんがらがっている？」のか、それとも、ただの言葉の遊び的アナロジーなのか
ぼんやりしていてよくわからない。

L<-100
graphMat<-matrix(0,L,L)
for(i in 1:L){
	if(i>1){
		graphMat[i,i-1]<-1
	}
	if (i<L){
		graphMat[i,i+1]<-1
	}
}

g1<-graph.adjacency( graphMat )
plot(g1, layout=layout.kamada.kawai)
#3次元にする
#そのために、レイアウトの情報を作る
coords <- layout.fruchterman.reingold(g1, dim=3)
open3d()
rglplot(g1, layout=coords)

addEdge<-matrix(sample(c(0,1),L*L,prob=c(0.999,0.001),replace=TRUE),L,L)
diag(addEdge)<-0

graphMat+addEdge

newGraphMat<-sign(graphMat+addEdge)
newGraphMat

g2<-graph.adjacency( newGraphMat )
plot(g2, layout=layout.kamada.kawai)
#3次元にする
#そのために、レイアウトの情報を作る
coords <- layout.fruchterman.reingold(g2, dim=3)
open3d()
rglplot(g2, layout=coords)

M <- par3d("userMatrix") 
movie3d( par3dinterp( userMatrix=list(M,rotate3d(M, pi/2, 1, 0, 0),rotate3d(M, pi/2, 0, 1, 0) )), duration=5 ,movie="protein",dir=".")