１倍体を単位として計算量を減らすアプローチ

• 概要
  • ハプロタイプグラフ
    • 家系図(２倍体の伝達関係）から１倍体の伝達の様子（ハプロタイプグラフ）を作る
    • 家系図はすべての個人がつながっているが、ハプロタイプグラフはつながっていない
    • 母方と父方のグラフに分かれる
    • 「子はかすがい」
      • 「子が産まれると母方・父方のハプロタイプグラフが子を介して連結する」
  • 場合分け
    • 伝達パターンで場合分け
      • 親が子にアレルを伝えるときに、そのアレルが、その親の母方のものか父方のものかの場合わけ
      • こうすると、「枝分かれ」の無い、木グラフになっている
    • 母方・父方アレルに振り分ける場合分け
      • ２倍体のジェノタイプ（アレル２本分の情報）を母方アレル・父方アレルに振り分ける
  • メンデルチェック
    • アレルの伝達パターンとして確定したものが得られており
    • 父方・母方の伝達アレルも確定して考えているから
    • そのような伝達パターン・父母パターンが起こり得るかどうかの確認はとれる
      • 木グラフ上のすべてのアレルが同一であれば、「起こり得る」ことで、それ以外は「起こり得ない」こと
  • 木の観測確率
    • すべての木は、一つの「祖先染色体」を持つ
    • 「祖先染色体」は、「集団からの直接の子」の染色体である
    • 「祖先染色体」があるアレルを持つ確率は、（HWEを仮定すれば）集団のアレル頻度に等しいので、それが確率
    • この集団のアレル頻度と、「場合分けされた木の確率（これは、伝達分岐・父母パターンの割り付けが作る確率なので、の形をしている
    • したがって、木の観測確率は、アレル頻度ととでできている
  • ハプロタイプグラフ全体の観測確率
    • ハプロタイプグラフは、複数の連結グラフでできているから、個々の連結グラフを場合分けをにより、木グラフにしたうえで、確率を計算し、すべての連結グラフ（木）での確率の積をとり
    • それをすべての場合について足し合わせる
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