2011-08-15

トキシコローム？

オミックス

オミックスデータの解析の調べもの(こちら)をしていたらMAQC Consortium関係でTox21(こちら)というプロジェクトの資料を見ることになった
資料は"Review of the Biomolecular Screening Branch by the NTP Board of Scientific Counselors"(こちら)
NTP Vision for 21st century
Biomolecular Screening Branch and Tox21
コンセプト
- 従来、Toxicologyは観察ベースの学問だった
- 「物質」の「生体影響」を次のように対象化するための大型組織・プロジェクト
  - 体系的に
  - 包括的に
"Review of the Biomolecular Screening Branch by the NTP Board of Scientific Counselors"の目次を眺めて、全体像をつかむ
- The National Academy of Sciences Report "Toxicity Testing in the 21st Century: A Vision and Strategy"(こちら)
  - 「近い将来すべての毒性のルーチン検査はヒト細胞とセルラインでの実験で評価されるようになる」
  - 「それらは、ハイ・スループット実験系である」
- Tox21 は毒物関係のコラボ組織(より上位のコラボ関係について)
- NTP Biomolecular Screening Branchという組織
  - 以下の下部組織を従える
    - Molecular Toxicology Group
    - Pathway-Based Toxicology Group
    - C.elegans Screeninng Core
    - Host Susceptibility Group
    - Statistical Analysis and Informatics Group
      - "the Statistical Analysis and Informatics Group, which focuses on the development and application of chem- and bio-informatic tools to characterize compound-specific responses in individual HTS or high content assays, as well as the response pattern(s) across multiple assays and their relationship to human (where available) and animal toxicological responses."
- 組織
  - Tox21 Partners
    - US EPA National Center for Computational Toxicology
    - NIH Chemical Genomics Center
  - Tox21 Working Groups (WGs): 4 Working Groups
    - Chemical Selection WG
    - Pathways and Assays WG
    - Informatics WG
    - Targeted Testing WG
- Tox21 WGsの中のPathways and Assays WGの中を見てみよう
  - - Phase I 関係
      - Tox21 Phase I Approach at NCGC
      - HTS Assays used during Tox21 Phase I testing
      - Results and lessons from phase I
    - Phase II 関係
      - 化学物質パネル
        
        10K library
      - アッセイ系
        
        Stress response assays
        
        Nuclear receptor transactiovation assays
        
        ToxCast(TM) Phase II screens
        
        Additional screening activities
- Phase II のアッセイ系の中身をさらに見てみよう
  - Stress response assays (全10)
    - Oxidative stress(ARE,Nrf2)
    - Hsp70
    - DNA damage responce
    - Mitochondrial damage assay in HepG2 cells
    - AP-1 assay as a predictor of JNK, ERK, and p38 kinase signaling
    - NFkB(inflammatory response; assay detects agonists and antagonists of the Toll-like receptor signaling pathway)
    - ESRE assay in HeLa cells(lipid damage, Endoplasmic Reticulum Stress Response element)
    - hERG potassium channel assay
    - Caspase3/7 (irreversible induction of apoptosis)
    - Cytotoxicity (measuring ATP levels using CellTiter Glo(R))
  - Nuclear receptor transactivation assays (全15)
    - hER $\alpha$ (human estrogen receptro alpha)
    - hAR(human androgen receptor)
    - hPPAR $\gamma$ human peroxisome proliferator activated receptor gamma)
    - hFXR (human farnesoid X receptor)
    - hVDR (human vitamin D receptor)
    - ...続きます
  - ToxCast(TM) Phase II screensは50物質
  - Additional screens
- DNA damage response の詳細は：
  - Phase I は３アッセイ
    - (1) beta lactamase assay for p53 activation in HCT-116 cells (invitrogen)
    - (2) a luciferase assay for ELG1 DNA damage protein in HEK 293T cells (Dr. Simmons at EPA)
    - (3) "a different cytotoxicity assay that comaperes cell viability (CellTiter Glo(R)) in several different DNA repair deficient DT40 chicken isogenic cell clones with that of the DNA repair competent parental (wild-type) cell line.
      - Phase I の (3)の結果は解析中(らしい)。これに基づいてPhase II の内容が決まるらしい
その他、気になったリンク
- ハイスループットアッセイガイドライン
- 予測のためのハイスループット実験とデータＱＣに関する関連事項