マス-スペクトロメトリーを使った実験(メタボローム)

  • 大きく2戦略
    • 標的なし・標的あり
  • データ加工
    • Low-level processing
      • 実験プラットフォーム等により定型化・自動化
    • Mid-level processing
      • 圧縮
    • 標準化(1実験内で、実験間で、比較可能にする)
    • 定量
      • 内部標準を用いた相対化
      • 定量限界の設定
    • 外部解析リソースの活用
    • 既知知見の活用
  • 解析手法
    • コンセンサスはまだない
    • R/Bioconductor
    • MAQC Consortium(こちらこちら)とか、もあるが、定番になるわけでもないらしい
    • Chemometricsから、PCA,PLS,SIMCA-P
    • その他にも、いわゆる単変量解析・多変量解析、さらにいろいろ、が使われているし、使われようとしている状態
    • メタボロミクス特有のこと
      • 分子間の強い関係
      • 量の意味が分子によって大きく異なること(そもそも検出限界以下でも、「十分に存在している」かもしれない)
      • データベース化、パスウェイ整備