マス-スペクトロメトリーを使った実験(メタボローム)

• 大きく２戦略
  • 標的なし・標的あり
• データ加工
  • Low-level processing
    • 実験プラットフォーム等により定型化・自動化
  • Mid-level processing
    • 圧縮
  • 標準化(１実験内で、実験間で、比較可能にする)
  • 定量
    • 内部標準を用いた相対化
    • 定量限界の設定
  • 外部解析リソースの活用
  • 既知知見の活用
    • 化学物質のスペクトラム・物理学的性質・化学的性質
    • アノテーション
    • その他
• 解析手法
  • コンセンサスはまだない
  • R/Bioconductor
  • MAQC Consortium(こちら・こちら)とか、もあるが、定番になるわけでもないらしい
  • Chemometricsから、PCA,PLS,SIMCA-P
  • その他にも、いわゆる単変量解析・多変量解析、さらにいろいろ、が使われているし、使われようとしている状態
  • メタボロミクス特有のこと
    • 分子間の強い関係
    • 量の意味が分子によって大きく異なること(そもそも検出限界以下でも、「十分に存在している」かもしれない)
    • データベース化、パスウェイ整備