- オミックス分類での集積
- 次世代シークエンサーのSRA(Sequence Read Archive)
- ゲノムもエピゲノムもRNAseqもこれに入る
- トランスクリプトームであって次世代シークエンサーでないデータ型はGEOとArrayExpressとDDBJ Omics Archive
- 次世代シークエンサーのSRA(Sequence Read Archive)
- 別の切り口・使ったサンプルごとにまとめる。プロジェクトごとにまとめる
- BioSample
- BioProject
- BioSampleとBioProjectには共通して"ID=238286"というのがついている。かたや、「使った」試料で取りまとめ(これ以降、同じ試料で行ったデータがBioSampleのIDで連結されていく)、かたや、「どういう研究のかたまり」かという視点で複数の「試料」にまたがって連結されていく
- ダウンロードにあたってはFTPサイトにwgetコマンドを投げることになるかもしれませんが、何の事だかわからない人はこちらとかを参考に…
数学・コンピュータ関連の姉妹ブログ『ryamadaのコンピュータ・数学メモ』
京都大学大学院医学研究科ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki
講義・スライド
医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール
駆け足で読む○○シリーズ
ぱらぱらめくるシリーズ
カシオの計算機
オンライン整数列大辞典