BioSample BioProjectとか

• オミックス分類での集積
  • 次世代シークエンサーのSRA(Sequence Read Archive)
    • ゲノムもエピゲノムもRNAseqもこれに入る
  • トランスクリプトームであって次世代シークエンサーでないデータ型はGEOとArrayExpressとDDBJ Omics Archive
• 別の切り口・使ったサンプルごとにまとめる。プロジェクトごとにまとめる
  • BioSample
    • こちらに解説
    • STAP細胞のBioSample検索結果はこちらで、これはSTAP細胞でのChipSeqのデータに関するもの。IDはSAMN02393452
    • この検索結果より"SRA: SRS559107"と、SRAのIDがとれるので、このように検索して、行き着けば、ダウンロードはもうすぐそこです。
  • BioProject
    • こちらに解説
    • STAP細胞のBioProject検索結果はこちらで、これはSTAP細胞の発現プロファイルとエピゲノムプロファイルにつけられたもの。IDはPRJNA238286
  • BioSampleとBioProjectには共通して"ID=238286"というのがついている。かたや、「使った」試料で取りまとめ(これ以降、同じ試料で行ったデータがBioSampleのIDで連結されていく)、かたや、「どういう研究のかたまり」かという視点で複数の「試料」にまたがって連結されていく
• ダウンロードにあたってはFTPサイトにwgetコマンドを投げることになるかもしれませんが、何の事だかわからない人はこちらとかを参考に…