Taxonomy3
Taxonomy3なる商業ベースの多変量遺伝因子解析ツールがあるそうです。
- サイト記事を読んだ限りでの感想は以下の通り。
- ケースやコントロールにも「遺伝要素の色が濃いことによって、ケースやコントロールになっている人」と、「非遺伝要素の色が濃いことによって、形質が決まっている人」がヘテロにいるので、サンプルの形質ではなく、「形質を決める遺伝要素の強さ」を推定してやって、使いましょう、ということのよう。
- その計算がLog Bayes Factorsの計算。
- この部分の計算が、集団構造化があるとき、集団構造がケースとコントロールとで違っていて、関連検定統計量の分散インフレがあるときに、影響を受けそうです。
- その影響がどういう影響でどのくらい強いのか。
- それが、後半のＰＣＡも集団構造の違いを抽出する方法なので、同じ情報ソースから２回の情報抽出になっていそうで、その部分の正当化、とかがなされている方が安心です。
- また、マーカー間のＬＤ関係は、いわゆるＰＣＡにも影響を与えますが、、LBFにも影響をもたらすとお思いますので、万能でないことにも注意が必要と思います。ＨＬＡ領域のマーカーを使っているときとかは特に注意した方がよいと思います。
- あとは、ツール全体が、ＳＮＰだけではなく、どんなデータ型にも対応することを基本にしているとか、サブフェノタイプを定義してそれについても解析をする、とか、製薬会社内で育ってきたツールならではの、対応の良さ、は使い勝手がよさそうな印象があります。
- そのほかの実用的な側面ですが、結果の視覚的提示部分もよく練れているでしょう。
- マルチプルテスティング補正については、サブフェノタイプ定義を色々入れてやって、いじり倒すときに、全部をひっくるめて『総合的』に出してくれるものと期待しますが、その点は分かりませんでした。『総合的』に出すには、モンテカルロパーミュテーションベースでやるしかだめでしょうから、やるならそれでやっているものと思います。
- 統計学の基本の基本のところなのに断定できないところですが・・・
