ハプロタイプによるケースコントロール関連解析の手法
ある領域に複数のハプロタイプが存在する。その中から疾患リスクアレルを検出する方法にはいくつかある。Tzeng, JY et al.による最近の論文がイントロダクションで紹介している系譜についてコメントする
- 個々のハプロタイプについて解析する方法
- ハプロタイプの集合から算出する指標をケース・コントロール間で比較する方法
- Excessive haplotype sharingに基づく方法
- 個々のハプロタイプに着目する代わりに、ケースに観察されるハプロタイプ集合とコントロールに観察されるハプロタイプ集合とを対象とする
- 個々のハプロタイプをテストしないので、自由度を低く抑えていることになる
- Haplotype Sharing Statisticsは、ハプロタイプペアに遠近関係を表す指標『ハプロタイプ間距離』を定め、集団中のすべてのハプロタイプペアの『ハプロタイプ間距離』の標準偏差として定義されている
- ハプロタイプ間距離の定義はいろいろあるが、ハプロタイプiとハプロタイプjの距離を
とすし、ハプロタイプがN本(N/2人)あるとすると
- 疾患リスクをもたらす変異(多型)を乗せているハプロタイプはケース集団には多く、また、疾患リスク変異(多型)の近傍でその程度が強くなることを利用して、解析領域中の疾患リスク多型位置を狭めつつ、疾患リスクを有するハプロタイプを特定する方法
- 参考文献はこちらとこちら、など
- Haplotypeをクラスタリングし、クラスターごとに評価する方法
