集団階層化

• 集団から抽出して行うケース・コントロール関連解析は、そのサンプル収集の容易さからCommon diseases関連遺伝子解析の主流となっている。大規模な連鎖不平衡関連解析では、解析遺伝子・ローカスの数が多いことからくる第１種過誤のインフレーションが問題となるが、解析集団に集団階層化が存在する場合には、階層化に由来する偽陽性が問題になる
• 解析対象集団には、程度の差こそあれ、必ず階層化は存在するものと考えられる。ゲノムワイドタイピングにおいては、真の疾患関連マーカーのほかに複数の(多数の)遺伝マーカーのデータが得られることが多く、それを用いて、階層化の存在の有無を検定したり、階層化の程度を評価したりするとともに、階層化を組み入れて関連検定を行ったり、関連検定結果の統計的有意さを評価したりする(ことができる)
• 解析対象集団の階層化に関する記事
  
  • 概説記事はこちら
  • 集団遺伝学的な立場からの評価法はこちら
  • ケース・コントロール関連解析の立場からの評価法についてはこちら(多マーカーカイ自乗値加算法とMCMC法)とこちら(MCMC法)
  • 階層化を組み込んだ関連解析の手法(Structured AssociationとGenomic Control)についてはこちら