公開パスウェイをグラフとして取り込みなおす

• KEGGはこちら
  
  • 分子パスウェイが公開されている
    
    • ヒトのT細胞受容体のパスウェイの図はこちら(データベースリンクト)
    • テキストで情報を使うなら、こちらから該当ファイルを取得
      
      • グラフ関連公開アプリケーション(こちらとこちら)に使わせていただいているVGJに取り込むことを前提とすると、ダウンロードサイトのXML形式ファイルでの取得をしてファイル変換するのが便利。ダウンロードサイトはこちら、その１階層下のサイトはこちら
• グラフノードの扱い
  
  • KEGG Pathway xmlファイルのフォーマット(描図オブジェクト部分)

<entry id="12" name="ko:K05429" type="ortholog">

        <graphics name="IL2" fgcolor="#000000" bgcolor="#FFFFFF"

             type="rectangle" x="961" y="472" width="45" height="17"/>

</entry>

• VGJのグラフオブジェクトファイルのフォーマット

 node [

      id 0

      label "Name of Object"

      graphics [

         Image [

            Type "URL"

            Location ""

         ]

         center [

            x -76.0

            y 59.0

            z 0.0

         ]

         width 20.0

         height 20.0

         depth 20.0

      ]

      vgj [

         labelPosition "below"

         shape "Oval"

      ]

   ]

• グラフエッジの扱い
  
  • KEGG Pathway xmlフォーマットの場合

<relation entry1="61" entry2="68" type="PPrel">

        <subtype name="binding/association" value="---"/>

</relation>

• VGJの場合

edge [

      linestyle "solid"

      label ""

      source 0

      target 1

]

• ノードをグループ化する
  
  • KEGG Pathway xmlの場合
    
    • 新たなノードとして立てる。所属ノードの属性には記載しない

<entry id="70" name="undefined" type="group">

        <graphics fgcolor="#000000" bgcolor="#FFFFFF"

             type="rectangle" x="197" y="332" width="113" height="130"/>

        <component id="48"/>

        <component id="49"/>

        <component id="50"/>

        <component id="51"/>

        <component id="52"/>

        <component id="53"/>

        <component id="55"/>

        <component id="56"/>

    </entry>

• VGJの場合
  
  • 個別のノードとして立てる。その上で、個々のノードの属性として記載する

 node [

      id 0

      label "Name of Object"

      graphics [

         Image [

            Type "URL"

            Location ""

         ]

         center [

            x -76.0

            y 59.0

            z 0.0

         ]

         width 20.0

         height 20.0

         depth 20.0

      ]

      vgj [

         labelPosition "below"

         group 3

         shape "Oval"

      ]

   ]

...

node [

      id 3

      label ""

      graphics [

         Image [

            Type ""

            Location ""

         ]

         center [

            x -7.0

            y 55.0

            z 0.0

         ]

         width 28.284271247461902

         height 28.284271247461902

         depth 28.284271247461902

      ]

      vgj [

         labelPosition "below"

         shape "Oval"

      ]

   ]

• 全体の書式部分
  
  • KEGG Pathway xmlの場合
    
    • ヘッダーと、ノードエッジをくくる"Pathway"エントリーに関する部分

<?xml version="1.0"?>

<!DOCTYPE pathway SYSTEM "">http://www.genome.jp/kegg/xml/KGML_v0.6.1_.dtd">

<!-- Creation date: Mar 13 2006 10:49:39 +0900 (JST) -->

<pathway name="path:map04660" org="map" number="04660"

         title="T cell receptor signaling pathway"

         image="http://www.genome.jp/kegg/pathway/map/map04660.gif"

         link="">http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?map04660">

• フッター

</pathway>

• VGJフォーマットの場合
  
  • ヘッダー

graph [

   directed 1

• フッター

]