2007-12-01

X　ツールの使い方

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入出力フィールドは７個
実行ボタンは５個
入力フィールド６個
- カテゴリカルデータの分割表に関する入力(３フィールド)
  - No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数
  - No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数
  - No.alleletypes:入力データの多型のアリル数
    - 例：SNPケースコントロール解析
      - No.genotypes=3,No.phenotypes=2,No.alleletypes=2
    - 例：SNP３カテゴリ解析(低度・中度・高度)
      - No.genotypes=3,No.phenotypes=3,No.alleletypes=2
    - 例：CNPケースコントロール解析、CNPのアリル数が３でディプロタイプ的ジェノタイプのとき
      - No.genotypes=6,No.phenotypes=2,No.alleletypes=3
    - 例：CNPケースコントロール解析、CNPのアリル数が４でコピー数和的ジェノタイプのとき
      - No.genotypes=7,No.phenotypes=2,No.alleletypes=4
- 入力データのフォーマットに関する入力(２フィールド)
  - Count data or Raw data: 1=count, 0=raw:分割表データを入力するときは1、個人別に１行１人でフェノタイプとジェノタイプを入力するときは0
  - No. records for raw data:個人別データフォーマットのときに、レコード数(人数)を数値入力する
- データ入力フィールド(１フィールド)
  - ２つある大きなテキストフィールドのうち、上段
  - 分割表情報の入力
    - １形質１行
    - １ジェノタイプ１列
    - タブ区切り
    - 全行、末尾値のあとにもタブを置く
    - 最終行の末尾値のあとにもタブを置き、改行する
    - ジェノタイプの順序
      - ディプロタイプ的ジェノタイプの場合
        
        最少コピー数ホモを0番、最少コピー数と最少コピー数＋１のヘテロを1番、最少コピー数と最少コピー数＋２のヘテロを2番、というように、２アリルのうちのコピー数の小さい方をA、コピー数が大きい方をBとしたとき、AiBi は辞書的順序とする
      - コピー数和的ジェノタイプの場合
        
        コピー数和が最少のジェノタイプを0として、コピー数が１増えるごとに列順をひとつ上げる
    - 例

10	20	30	
24	45	58

- - 個人別情報の入力
    - 量的フェノタイプの場合には、この入力方式のみを受け付ける
    - １人１行
    - ２列：タブ区切り
      - 第１列：形質
      - 第２列：ジェノタイプ
      - 形質がカテゴリカルの場合は、0,1,...のように0から始めて、１刻みとすること。カテゴリに順序があるときは、その順序とすること。順序なきカテゴリの場合も、適当に0,1,...とつけること。
      - ジェノタイプも、0,1,...のように0から始めて、１刻みとすること。その値は、分割表型入力のときの列順序どおりとすること
    - 各行の末尾にもタブを置いてから改行する
    - 最終行も同様に、タブを置いてから改行する
    - 例

実行ボタン５個
- SNP:SNPのデータのときにこれを押す
- CNP_diplotype:CNPデータでディプロタイプ的ジェノタイプのときこれを押す
- CNP_copy number type:CNPデータでコピー数的ジェノタイプのときこれを押す
- Haplotype:ハプロタイプ別のデータの場合にこれを押す
- Clear:データ入力フィールドをクリアするときにこれを押す
出力フィールド
- 最下段のフィールド
- データタイプごとに出力形式はまちまち
- 出力項目ごとに改行することを原則とする