X ツールの使い方

  • ツールへのリンク
  • 入出力フィールドは7個
  • 実行ボタンは5個
  • 入力フィールド6個
    • カテゴリカルデータの分割表に関する入力(3フィールド)
      • No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数
      • No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数
      • No.alleletypes:入力データの多型のアリル数
        • 例:SNPケースコントロール解析
          • No.genotypes=3,No.phenotypes=2,No.alleletypes=2
        • 例:SNP3カテゴリ解析(低度・中度・高度)
          • No.genotypes=3,No.phenotypes=3,No.alleletypes=2
        • 例:CNPケースコントロール解析、CNPのアリル数が3でディプロタイプ的ジェノタイプのとき
          • No.genotypes=6,No.phenotypes=2,No.alleletypes=3
        • 例:CNPケースコントロール解析、CNPのアリル数が4でコピー数和的ジェノタイプのとき
          • No.genotypes=7,No.phenotypes=2,No.alleletypes=4
    • 入力データのフォーマットに関する入力(2フィールド)
      • Count data or Raw data: 1=count, 0=raw:分割表データを入力するときは1、個人別に1行1人でフェノタイプとジェノタイプを入力するときは0
      • No. records for raw data:個人別データフォーマットのときに、レコード数(人数)を数値入力する
    • データ入力フィールド(1フィールド)
      • 2つある大きなテキストフィールドのうち、上段
      • 分割表情報の入力
        • 1形質1行
        • 1ジェノタイプ1列
        • タブ区切り
        • 全行、末尾値のあとにもタブを置く
        • 最終行の末尾値のあとにもタブを置き、改行する
        • ジェノタイプの順序
          • ディプロタイプ的ジェノタイプの場合
            • 最少コピー数ホモを0番、最少コピー数と最少コピー数+1のヘテロを1番、最少コピー数と最少コピー数+2のヘテロを2番、というように、2アリルのうちのコピー数の小さい方をA、コピー数が大きい方をBとしたとき、AiBi は辞書的順序とする
          • コピー数和的ジェノタイプの場合
            • コピー数和が最少のジェノタイプを0として、コピー数が1増えるごとに列順をひとつ上げる
10	20	30	
24	45	58	
      • 個人別情報の入力
        • 量的フェノタイプの場合には、この入力方式のみを受け付ける
        • 1人1行
        • 2列:タブ区切り
          • 第1列:形質
          • 第2列:ジェノタイプ
          • 形質がカテゴリカルの場合は、0,1,...のように0から始めて、1刻みとすること。カテゴリに順序があるときは、その順序とすること。順序なきカテゴリの場合も、適当に0,1,...とつけること。
          • ジェノタイプも、0,1,...のように0から始めて、1刻みとすること。その値は、分割表型入力のときの列順序どおりとすること
        • 各行の末尾にもタブを置いてから改行する
        • 最終行も同様に、タブを置いてから改行する
0	0	
0	0	
1	1	
0	2	
1	0	
0	1	
1	1	
2	2	
2	0	
2	1	
2	2	
0	2	
  • 実行ボタン5個
    • SNP:SNPのデータのときにこれを押す
    • CNP_diplotype:CNPデータでディプロタイプ的ジェノタイプのときこれを押す
    • CNP_copy number type:CNPデータでコピー数的ジェノタイプのときこれを押す
    • Haplotype:ハプロタイプ別のデータの場合にこれを押す
    • Clear:データ入力フィールドをクリアするときにこれを押す
  • 出力フィールド
    • 最下段のフィールド
    • データタイプごとに出力形式はまちまち
    • 出力項目ごとに改行することを原則とする