２次元に３次元情報

主成分分析で個人間の遺伝的遠近関係を評価し、それをプロットすることがある。主要２軸で十分に表現できることもあるが、それだけだとよく分からないこともある。
そんなときには、３軸が作る３つの２次元プロットを見較べるのも手であるが、３軸目の情報を色で表すことも便利かも知れない。
今、第１、第２、第３に３軸の値の入った、タブ区切りの３カラムファイル"data.txt"があるとする。

0.0163	0.0191	0
0.0167	0.019	-0.0001
0.0164	0.0194	0.0023
0.0161	0.0193	-0.0032
0.0163	0.0191	0.0003
0.0162	0.0197	-0.001
0.0167	0.0191	-0.001
0.0162	0.0186	0.0006
0.0159	0.0195	0.0001
0.0161	0.0192	-0.0007
0.0163	0.0199	-0.0014
0.0161	0.0194	-0.0006
0.0164	0.0187	0.0019
。。。

のような感じ。
これをＲに以下のように取り込んで処理すると添付のような図ができる。

#データ取り込み
d<-read.table(file="data.txt",sep="\t")
#プロット軸（ＰＣＡの第１第２軸）の指定
list<-c(1,2)
#coplot
plot(d(list))
#これに、ＳＮＰのディプロタイプで色をつけます
#今、色指定をＰＣＡの第３軸にすると
colsum<-d[,3]
#これでプロット
col<-gray((colsum-min(colsum))/(max(colsum)-min(colsum)))
plot(d[list],col=col,cex=1)

点がグレースケールになっていることがわかる。