EigenstratでLD関係の調整
PCAを用いたEigenstratにより、サンプルの遠近関係を分析することがある。そのときに、LDが強いマーカーは、解析全体に影響を及ぼすので、強いLD関係にあるマーカーを組み込みすぎないようにするオプションがある。その方法を友人に教えてもらった
src/eigensrc/smartpcs.c: 173行目 int ldregress = 0 ; に任意の自然数を与えることで指定できます．
数学・コンピュータ関連の姉妹ブログ『ryamadaのコンピュータ・数学メモ』
京都大学大学院医学研究科ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki
講義・スライド
医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール
駆け足で読む○○シリーズ
ぱらぱらめくるシリーズ
カシオの計算機
オンライン整数列大辞典
