オミックス 組み合わせメモ
- A(ゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボロームに関する、レファレンスへのリンク付きの短い概説)
- B（Clinical Proteomic Technologies for Cancer Initiative)
- (1)"The hypothesis [of the clinical arm] is that the genome-driven tumor secretome is a source of plasma biomarkers of clinical utility. And what all that means is that we will map protein expression in the context of genomic aberration, ..."
- (2)"In the cancer biology arm, the researchers' working hypothesis is that somatic mutations have predictable consequences on proteomic phenotypes."
- C
- D(Hypothesis-driven omics integration)
- E(血中脂質濃度とアレルコピー数とのシンプルな相関(GWAS))
- F(metaP: MS/MSデータのクオリティチェック、再現性・バッチ影響の評価・補正、カテゴリカル形質との独立性検定、量的形質との相関検定、メタボライト間の関係、ＰＣＡ、KEGGパスウェイを取り込んだ解析 を行うウェブ上のサービス：(こちら)
- G(メタボリック症候群(複数の形質の複合)に関するGWAS)
- H(双生児を対象とし、NMRによるメタボライトデータの分散を評価して遺伝要因の寄与の程度を解析する)
- I(血中メタボライトと精神疾患の関係の解析。メタボライトはクラスタリングして情報集約した上で、メタボライトデータはクラスタの線形結合(?)として解析し直し)
- J(メタボロームデータのハイスループット処理・データＱＣ、メタボライト濃度の比で検定)
- メタボロームデータのハイスループット解析論文(Article Integrated, Nontargeted Ultrahigh Performance Liquid Chromatography/Electrospray Ionization Tandem Mass Spectrometry Platform for the Identification and Relative Quantification of the Small-Molecule Complement of Biological Systems)
- K(メタボリック症候群的な複数フェノタイプの扱い)
- L(Translational Genomics Pipeline: From Populations to Individuals と題したSanger Instituteのセミナーのプログラム)(この記事に仮プログラムを転載)
- M(Second Symposium on Translational Genomics March 15-16, 2012 )
- N(Emerging Applications of Metabolomic and Genomic Profiling in Diabetic Clinical Medicine)
- O(Pharmacometabolomics: ファーマコ関係に限定することなく、メタボローム解析データのスペクトルを扱う点においてもより生データに近いところから活用する方法などにも言及している)
- その他
- 量的形質を扱うが、分布がゆがんでいることもある。そのときの補正についての記事([inverse-normal transformation(こちら))
