素のデータで解析する

• Electrical Health Record(EHR)を使ってゲノム疫学(EDGR(EHR-driven Genomic Research))をすることと、Electrical Health Recordにゲノム情報を持ち込んで医療をする/その医療の追跡をすること(EDGM:EHR-driven Genome Medicine)との異同を考える
• データのあらまし
  • EDGRの場合
    • 個人
    • 観察項目
      • 観察項目の複合体としての診断
  • EDGMの場合
    • 個人
    • 観察項目
      • 観察項目の複合体としての診断
    • 介入(治療)
• データ解析のあらまし
  • EDGRの場合
    • 観察項目のうち、結果となる(なりそうな)因子と、その原因となる(なりそうな)因子・結果を予測する(しそうな)因子との関係の抽出
  • EDGMの場合
    • 観察項目のうち、判断(診断・治療の選択)と、その判断の根拠となる(なりそうな)因子との関係の抽出
      • 診断に関するデータマイニング
    • 観察項目のうち、結果(病像の進展・治療反応性・副反応を含めて)と、その原因となる(なりそうな)因子(介入)・結果を予測する(しそうな)因子(診断・観察項目)との関係の抽出
      • 予後予測・介入効果に関するデータマイニング
• データの構造
  • 値
    • 個人ｘ項目ｘ時刻(開始と終止)とからなる
  • 項目の時刻による分類
    • 開始・終了時刻が個人の一生全体に渡ることを原則とするもの
      • 開始：出生時、終止：死亡時
      • ゲノム情報・性別などは通常、これにあたる
        • 改変の可能性が０ではないので、開始：出生時、終了時は開放しておくことになる
    • 開始・終了時刻が、一生ではない期間を持つもの
      • 複数回の登録もあり得る
      • 治療継続中の場合などは、終了時は開放
      • 期間のある項目であっても、その期間を時刻とみなして解析することもある
    • ある時刻に関するもの(開始時刻と終了時刻が同時であるもの)
      • 複数回の登録もあり得る
      • 状態の観察項目(診察情報・検査など)はこれに属する
      • 経時的変化を追跡するものはこれに属する
  • 項目の性状による分類
    • 観察項目
      • 観察項目は、個体の状態を表す
      • フェノタイプ
    • 介入項目
      • 介入項目は、個体が外部から受ける影響
      • 環境要因はこれに属する
        • 居住地の情報はこれに属する
      • 人為的な環境要因として、治療介入がある