1. ハイ-スループット シークエンス実験入門。実験デザインとバイオインフォマティクス解析：ぱらぱらめくる『Deep Sequencing Data Analysis』

• Raw data handling
  • • ->"CASAVA(Illumina)"
• Quality control and read manipulations
  • • ->CASAVA,FastQC
  • De-novo Assembly
    • Assemble
      • • -> SOAPdenovo, ABySS, Velvet, ALL-PATHS,
  • Resequencing
    • Mapping
      • • -> BWA, Bowtie, TopHat
    • Variant calling
      • • -> SAMtools, GATK, MAQ
    • Variant filtering
  • RNA-seq
    • Mapping
    • Assembling transcripts
      • • ->de novo RNA
    • Assessing gene expression
      • • -> Cufflinks, Myrna
        • FPKM (Fragments Per Kilobase Million):遺伝子長で補正して遺伝子単位の発現量を表す指標(長い遺伝子は、リード総塩基数が大きくなるから)
    • Differential gene expression
  • ChIP-Seq
    • Mapping
    • Peaks detection
      • • -> MACS, SICER