- Nature Methods 11, 281–289 (2014)『Objective comparison of particle tracking methods』
- ライブ・セル・イメージングなどにより、光点の動画解析の必要性が出てきた。そのための色々なソフトなどが開発されてきているが、いろいろなもののパフォーマンスを比較してみよう、という論文
- 問題設定
- Single-particle tracking
- Multiple-particle tracking
- 大きく2つの仕事
- Particle detection
- Particle (temporal) linking
- オープン競技方式(2012)
- 比較方法・チーム(14チームのエントリー)
- 閾値でカットオフ,local-maxima検出,形態学的検出
- Linear filtering(Gaussian, Laplacian of Gaussian, difference of Gaussian),Linear/Non-linear model fitting, Centroid estimation schemes
- 上記の色々の組合せ
- Simple nearest-neighbor,multiframe association
- Multiple hypothesis tracking, dynamic programming, combinatorial scheme
- Motion models
- State estimation(Kalman filtering)
- 競技でのデータセット
- 競技での手法の比較尺度
- 5尺度
- 個々のパーティクルの経路の正確さを競う
- 正しいものとの合致の程度、ダミーとの合致との、誤ったパーティクルとの一致などによって、「TP,FP,FN,TN」などとしながら定量化
- 5尺度
- 結論
- 「これが一番」と言う方法はない
- 得意・不得意があるので、使用対象が決まっているなら、それに則して複数の手法のパフォーマンスを比較してみるのがよいだろう
数学・コンピュータ関連の姉妹ブログ『ryamadaのコンピュータ・数学メモ』
京都大学大学院医学研究科ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki
講義・スライド
医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール
駆け足で読む○○シリーズ
ぱらぱらめくるシリーズ
カシオの計算機
オンライン整数列大辞典