{質問}ブロックが組めない、ハプロタイプが計算されないのですが・・・

• 質問の状況
  
  • hoge.ped, hoge.infoファイルを読み込ませている
  • LDがブロックになっておらず、ハプロタイプの推定がされない
  • 個々のSNP自体はまともなコールであり、あしきりされていない
• 対策
  
  • infoファイルで与えたSNP間距離が遠すぎませんか？
    
    • ブロック内とみなすには、距離の上限があります。距離を無視して推定だけさせたいなら、infoファイルの位置情報は、適当に小さくすればよいです
  • LDが弱い
    
    • LDが弱いとブロック範囲は狭く、ハプロタイプはブロック単位で推定されるので、全体のハプロタイプの推定ができません
    • それを強制的に計算させるために、ツールバー　analysis customize-block-definitionで、strong LD spine なる領域のExtend Spine D'>　の値を0にします。こうすると、LDにあってもなくても、一塊とみなせ、ということになり、こうした上で、OKを押してウィンドウを閉じ、その上で、もう一度、analysis define blocks へ入り、さきほど閾値を変えた、solid spine of LD 法を選びます。そうすると出てくると思います。