Am J Hum Genet 80 605-615 (2007) Overcoming the Winner's Curse: Estimating Penetrance Parameters from Case-Control Data. by S Zollner and JK Pritchard GWAS によって、検出されるローカスは、その規模から、RRが実際より大きい側にバイアスが入っ…

Am J Hum Genet 80 921-930 (2007) A Simple and Improved Correction for Population Stratification in Case-Cotrol Studies. by MP Epxtein et al. Genomic Control, 主成分分析(Eigenstrat)でも補正できない構造化の補正 「構造化情報の強いマーカー」に…

Am.J.Hum.Genet 81 1158-1168(2007) by KN Conneely and M Boehnke So Many Correlated Tests, So Little Time! Rapid Adjustment of P Vaoues for Multiple Correlated Tests. こちらサマリー GWAにおいては、複数テスト間の相互関係はいろいろである。マー…

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オリジナルペイパー Random-effects model for meta-analysis of clinical trials: An update Rebecca DerSimoniana,et al. リンク 信頼区間 リンクHeterogeneity in Meta-Analyses of Genome-Wide Association InvestigationsJohn P.A. Ioannidis1,2,3*, Ni…

エクセルはこちら Rのrmetaをエクセル化したもの 少し不安なのは、Rのrmetaパッケージのソースを見た限りでは、信頼区間の算出は、推定量(ORなど)について、その対数をとって、算出SEをもとに上下限を正規分布近似で出していることになっており、Rのそれは、…

複数のスタディがあり、それぞれのサンプルサイズを、因子陽性サンプル数をとしたときに、スタディの重みを、に比例してとる(観測データからの母分散・・・)。因子陽性についての統計量を とし、複数スタディにおける、この統計量のばらつき具合を評価して、…

関連記載はこちらの『バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007)』

２SNPが作る４ハプロタイプについて、２群間で検定することを考える。２ｘ４分割表ができて、自由度３である。今、４ハプロタイプをH1,H2,H3,H4とし、ケースのH1,H2,H3の観測本数をx,y,zと自由度３に相当する３変数とすると、２ｘ４分割表の周辺度数に基づく…

メモ > pool<-scan(file="B_pool.txt",sep="\t") Read 17084 items > pool<-scan(file="B_pool.txt",sep="\t") Read 2050 items > ind<-scan(file="B_ind.txt",sep="\t") Read 2550 items > indmat<-matrix(ind,nrow=50) > persp(indmat,phi=0,theta=-45,sha…