空間の対応関係
- こちらから。
- Topology of biology(こちらやこちら)。
- 第１のペイパーでは、RNAをPhenotypeにDNAをGenotypeにしている
- 一般に。
- GenotypeとPhenotypeをそれぞれ空間の位置に対応付けて、その対応関係が１対１のとき、写像で考える。
- あるGenotypeはあるPhenotypeに確率的に対応するという場合もある。そのときは？(いわゆる、ヒトの遺伝因子解析はこの枠組み)
- そのような対応関係にあって、環境因子は、確率的対応づけのルールに異なる重みづけをする、という役割を持つ。
- また、環境因子(対応付けのバリエーション)は、１対１対応にも適応可能。
- Genotypeの空間は、ディプロイドの次元をハプロイドの次元の自乗にすることができる。ハプロイドでは、Genotype空間の距離は、変異箇所の距離とできる(と定義してもよい)。
- ディプロイドでは、Genotype空間の距離は変異と組換えによって移行する。移行しやすさを距離とすれば「距離」の定義に工夫がいる(かもしれない)。
- 時間のことも考える。
- Phenotypeは時間的に変化する(Phenotype空間の移動)。
- Genotypeは時間的に不変とすると、GenotypeがPhenotypeの時間微分を定めているという考え方ができる。
- じゃあ、そのうえで、「ロバスト」であることはどういうときに大事かと言うと、
- ダイナミックに変化することが必須(発生など)なときに、Phenotype空間の移動の道筋として道標があって、きちんとそこを通過すること
- 完成した個体で、「健康な状態」から逸脱しない、ということは、Phenotype空間の適切な部分空間から逸脱しないことともいえる。病的に安定するとは、「健康でない状態」を表す部分空間に安住してしまうこと。
- Genotypeはこの「比較的安定ないくつかの空間」の移行しやすさの関数に影響を与える。
- 環境因子もそう。
