進化系統樹 NJ法 ブートストラップ ベイズ

表題の４つのキーワードで、何かツールがないか、と質問された。
久しぶりに系統樹について考えた。配列間距離の推定もベイズなのだ、と。。。
確率論を入れるとしたら、『樹の形』についての信頼区間(それを信頼区間と呼ぶかどうかは別として)を持たせた出力をするのがよいのだろうけれど、最近のアプリはそうなっているのだろうか。
ひとまず、ぱぱっとウェブ検索すると、こんな感じで引っかかる。検索結果はこちら。
Bootstrapがしていること：比較するべき配列から、該当塩基位置をbootstrap的に(繰り返し引き当てありで)取り出して、配列バリエーションを作る。このようにして、元の配列間の違いを適当に反映しているけれども異なる配列同士でも比較して、木を作り、いくつもの木を作って、その木の妥当性を評価しようとするもの(参考こちら)