Quantitative traitsのおさらい

gene-gene interactionを解析するということとは解析のスタイルとしてどういうことかという視点で、大まかに整理

一般論としてGWASデータをどう確たるものにするか、についての、おさらい

転写因子のわかっていないことを示しつつ、わかっていないことを分類して方向性を記載

極端な捉え方だが、この先には、展開があると思う nature review genetics の紹介記事 その元論文１ その元論文２

Spatial patterns of variation due to natural selection in humans by J. Novembre and A. Di Rienzo in Nature reviews genetics

PLoS Geneticsの論文です。 A Genealogical Interpretation of Principal Components Analysis. by Gil McVean non-parametricに次元圧縮をする手法であるPCA,SVDからの情報を使って、コアレセントモデルにあてはめて推定する話し ＰＣＡとその親類であるSVD…

論文のダウンロード先がこちら代表的な３冊の本をまとめたのがこちらStatistical Methods, Experimental Design, and Scientific Inference作者: Ronald Aylmer Fisher,J. H. Bennett出版社/メーカー: Oxford Univ Pr on Demand発売日: 1990/08/09メディア: …

2008 Julyから2009 Marchのぱらぱらを以下に。

オーム解析におけるインフォマティクス上の現状概観 Towards a cyberinfrastructure for the biological sciences: progress, visions and challenges. LD Stein nat reviews genetics 9:678-688 2008

Epistasis - the essential role of gene interactions in the structure and evolution of genetic systems. PC Phillips nat review genet 9:855-867 遺伝子-遺伝子相互作用

Neutralism and selectionism: a network-based reconciliation. A Wagner nat reviews genet 9:965-974 2008

Turning a hobby into a job: How duplicated genes find new functions. GC Conant & KH Wolfe nat reviews genet 9: 938-950 2008 重複した遺伝子が新規に機能を獲得 Neofunctionalization(新規機能を担う) Subfunctionalization(機能を分担）

[http://www.nature.com/nrg/journal/v9/n12/abs/nrg2415.html:title=Sex-specific genetic architecture of human disease. C Ober et al. nat reviews genet 9:911-922 2008] 遺伝的性差（ＸＸ保有対ＸＹ保有）と、形質発現との関係を調べることは２本立て…

Statistical genetics Fitting phenotypes. T Casci 9 2008 Predicting Unobserved phenotypes for complex traits from whole-genome SNP data. SH Lee et al. PLosS Genet 4:e1000231 2008 帰無仮説を検定して多重検定に耐えうる統計的有意水準を得るとい…

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Z Wang et al. nat reviews genet 10:57-63 2009

RNA-based gene duplication: mechanistic and evolutionary insights. H Kaessmann et al. nat reviews genet 10:19-31 2009 mRNAが逆転写してDNAに収まって、それがpseudogeneから本物になることは、やはりある。それに関する現況レビュー。

Genotype-phenotype databases: challenges and solutions for the post-genomic era. GA Thorisson et al. nat reviews genet 10:9-18 2009 数多くのデータベースが存在しているが、今後はそれらを横断的につなぐ必要が出る。そのことについての現状概観と…

Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics. C Jiang & BF Pugh nat reviews genet 10 161-172 2009 Nucleosome positioningとは、DNAがヒストンと高次構造をとるときにできるヌクレオソーム構造がDNA塩基配列のどこで「ヒスト…

The evolution of hierarchical gene regulatory networks. DH Erwin & EH Davidson nat reviews genetics 10:141-148 2009 Gene regulatory networks (GRNs)とは 発生は遺伝子の空間的(臓器・組織別)の遺伝子発現制御状態の時間的推移パターンである、とも…

Decanalization and the origin of complex disease. G Gibson nat revies genet 10:134-140 2009 モデル Common disease-common variant モデル 集団における頻度が多型域(１％以上)の多型が疾患の遺伝要素の何分の一か程度の寄与をしているとするモデル。 …

Small silencing RNAs: and expanding universe. M Ghildiyal & PD Zamore nat reviews genet 10:94-108 1998年以来のsmall RNAの知見の増大をサマライズ

The consequences of asynapsis for mammalian meiosis. PS Burgoyne et al. nat reviews genet 10: 207-216 2009 減数分裂におけるmaternal と patarnalな染色体のsynapsis形成(対合)の異常は不妊原因の一つであるが、それについて、減数分裂時の分子機構に…

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19204719:title=Genetic diseases of connective tissues: cellular and extracellular effects of ECM mutations. JF Bateman et al.nat review genet 10 173-183 2009] コラーゲンをはじめとする細胞外基質高分子の変…

Long non-coding RNAs: insights into functions. TR Mercer et al. nat reviews genet 10:155-159 2009 "RNA world"という仮説 DNAに遺伝情報の伝達を担わせるより以前に、生物はRNAによって生き、遺伝情報を伝えていたとする仮説 情報保存はより安定なDAN…

Replication timing and epigenetic reprogramming of gene expression: a two-way relationship? A Gondor & R Ohlsson nat reviews genetics 10:269-276 2009 細胞分裂の回転の速さ 転写活性の高い遺伝子のDNA複製は、転写活性の低い遺伝子のDNA複製より速…

Beyond odds ratios --- communicating disease risk based on genetic profiles. P Kraft et al. nat reviews genet 10:264-268 2009 p,odds ratio, population attributable risk(PAR), sensitivity, specificity, PPV, NPV Clinical validity ACCE (Analy…

Systems Genetics Networking complex traits. M Swami nat reviews genet 10:2009 Mapping complex disease traits with global gene expression. W Cookdon et al. nat reviews genet 10:184-194 2009 Systems genetics of complex traits in Drosophila m…

Functional Genomics Structure provides clues M Swami nat reviews genet e-pub 24 Mar. 2009 Local DNA Topography Correlates with Functional Noncoding Regions of the Human Genome SCJ Parker et al. Sciencexpress e-pub 12 Mar 2009のレビュー non…

Data sharing in genomics---re-shaping scientific practice. J Kane et al. nat reviews genet e-pub 24 Mar 2009 研究スタイル Hypothesis-led projects Large-scale data generation projects データインフラストラクチャー Data-sharing とData-mining …