ARG推定手法の現況

• Coalescentモデルを用いてハプロタイプARGを推定しそれを形質ローカスマッピングに応用する方法としては、基本的な統計遺伝学的手法を用いたいくつかの報告がなされている。
• これらの手法は、ハプロタイプ伝達関係が形成するグラフの形状によって分類可能である。組換えを考慮せず、変異のみを対象とした星形木を作成する方法 (文献 1 2 3 4) と、それよりも複合遺伝性疾患モデルでの実用性が高い、分岐型木を推定する手法 (文献 5 6)、変異と組換えをモデル化し、サイクルを有するARGを推定する方法 (文献 7 8)、さらにそれを発展させ、推定組換え点にてグラフを分離することでグラフの複雑化を回避する方法13などが挙げられる。
• これらの手法は、推定されるグラフの形状での分類の他に、用いられる論理により、Parsimonyに基づくもの、ベイズの定理を用いるもの、隠れマルコフ過程を用いるもの、ＭＣＭＣを中心に推定を進めるものなどで相互にタイプ分けがされる。
  
  • 1. McPeek, M.S. & Strahs, A. Assessment of linkage disequilibrium by the decay of haplotype sharing, with application to fine-scale genetic mapping. Am J Hum Genet 65, 858-75 (1999).→記事はこちら
  • 2. Lam, J.C., Roeder, K. & Devlin, B. Haplotype fine mapping by evolutionary trees. Am J Hum Genet 66, 659-73 (2000).→記事はこちら
  • 3. Morris, A.P., Whittaker, J.C. & Balding, D.J. Bayesian fine-scale mapping of disease loci, by hidden Markov models. Am J Hum Genet 67, 155-69 (2000).→記事はこちら
  • 4. Liu, J.S., Sabatti, C., Teng, J., Keats, B.J. & Risch, N. Bayesian analysis of haplotypes for linkage disequilibrium mapping. Genome Res 11, 1716-24 (2001).→記事はこちら
  • 5. Rannala, B. & Reeve, J.P. High-resolution multipoint linkage-disequilibrium mapping in the context of a human genome sequence. Am J Hum Genet 69, 159-78 (2001).→記事はこちら
  • 6. Morris, A.P., Whittaker, J.C. & Balding, D.J. Fine-scale mapping of disease loci via shattered coalescent modeling of genealogies. Am J Hum Genet 70, 686-707 (2002).→記事はこちら
  • 7. Larribe, F., Lessard, S. & Schork, N.J. Gene mapping via the ancestral recombination graph. Theor Popul Biol 62, 215-29 (2002).→記事はこちら
  • 8. Fearnhead, P., Harding, R.M., Schneider, J.A., Myers, S. & Donnelly, P. Application of coalescent methods to reveal fine-scale rate variation and recombination hotspots. Genetics 167, 2067-81 (2004).→記事はこちら