発現調節について調べ物

• Tuning gene expression to changing environments: from rapid responses to evolutionary adaptation. Nature Reviews Genetics, advance online publication, 1 July (2008) | doi:10.1038/nrg2398
• P bodies: at the crossroads of post-transcriptional pathways. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 8, 9-22 (2007)
• Translational control in stress and apoptosis. Nature Reviews Molecular Biology 6, 318-327 (2005)
• 発現制御
  • 転写制御
  • 転写後調節
    • 転写後の転写物制御
    • 翻訳制御
• 転写制御
  • Tuning gene expression to changing environments
  • Core stress response と Chemostat
    • Core stress response: ストレスが加わったときに示す、定型化した反応(Yeast)。Environmental stress response, common environmental response, core environmental response とも
    • Chemostat: 増殖好適環境において微生物が示す、一定の増殖状態。遺伝子発現状態として定型化している
  • Stress-indeced genes と Growth-related genes
    • Stress-indeced genes
      • Core stress response にて発現
      • TATA box 中心の発現制御
      • 発現レベルにノイズあり
    • Growth-related genes
      • Chemostatなど増殖好適期に発現
      • TATA box ではない発現制御
      • 発現ノイズ、小さい
• 転写後の転写物制御
  • 転写物制御の諸相
    • mRNA silencing
    • mRNA surveillance (or quality control)
    • mRNA degradation
  • 対象mRNA
    • バルク処理
    • 産物特異的処理
  • 制御の場
    • P bodies: 細胞質中のリボヌクレオプロテイン(RNP)構造
    • その他のmessenger RNA顆粒(ストレス下哺乳類細胞(Stress granules)、神経細胞(Neuronal granules)、卵形成期の卵などに認める構造(Germ-cell mRNP granules))
  • 機能
    • mRNA decay
      • Decapping
      • Deadenylase
      • 3'->5' decay
      • 5'->3' decay
    • mRNA surveillance
      • nonnonsense-mediated mRNA decay
      • AU-rich element(ARE)-mediated mRNA decay
    • gene-silencing
      • RNA-indeced silencing complexes
        • small interfering RNAs(siRNAs),microRNAs(miRNAs)
    • translational repression
      • miRNAによる翻訳抑制
• 翻訳調節
  • 翻訳の手順
    • Initiation:制御の中心
    • Elongation
    • Termination
  • IRES-mediated translation initiation
    • IRES: Internal Ribosome-entry site
  • ストレス時反応
    • 翻訳の全般的抑制と選択的翻訳
      • Upstream open reading frameの存在による、選択的翻訳
        • 非ストレス時には、このフレームによる不適切な翻訳が起こり、真の翻訳を免れているが、ストレス下では、このフレームによる翻訳が「全般的翻訳抑制」により起こらなくなり、その結果「隠れていた」「真」のフレームでの翻訳が可能となる。
• Unfolded protein response
  • ERにおける、翻訳後ペプチド鎖が高次構造を与えられるが、ストレス下では、高次構造の構成が抑制される。apoptosisにおいても役割を持つ？
• 選択的翻訳
  • 5'UTR, 3'UTRの特異配列による、選択的翻訳