遺伝子多型解析を数か月でできるようになるために〜第６回

• 実施日20110721
• 今日はＦＤＲにまつわるｑ値(リンク)
  • 関連してresampling
• 復習Ｒの使い方
  • allele freq=a
  • fixatoin index =f
  • 集団のジェノタイプ頻度分布は
  • 疾患のprevalenceをpとして
  • ３ジェノタイプのＧＲＲをr^2,r,1とする
  • D(MM),D(Mm),D(mm),H(MM),H(Mm),H(mm)を出す
  • D(MM)+D(Mm)+D(mm)=p,H(MM)+H(Mm)+H(mm)=1-p
  • D(ij)+H(ij)=W(ij)
  • D(MM)/W(MM):D(Mm)/W(Mm):D(mm)/W(mm)=r^2:r:1
  • 以上を解くと、この集団のフェノタイプ別・ジェノタイプ別の頻度が出る
• 今度は、フェノタイプ・ジェノタイプ別頻度を使って、ケースコントロールサンプリングを実施し、トレンドテストのカイ自乗値とｐ値を出す。
  • サンプリングを１００００回行って、カイ自乗値とｐ値の分布をとって、その基本的な統計量を出すとともに、分布を図示する
  • 関数　runif(), sample(),for() (ループ),hist()
  • これらを使って、ＧＷＡＳ等で、任意の設定で、パワー計算等を可能にすること(課題)